يعتبر التخدير من التخصصصات الهامة واللازمة للعمل الجراحي والعلاجات الخاصة بازالة الالم وبعض الفحوصات التشخيصية. ونظرا للنقص الحاد في اخصائي التخدير بالسودان كانت نشأة هذا القسم في عام 1999م بالكلية للمساهمة في تأهيل افراد متخصصين قادرينعلى تقديم هذه الخدمة بالكم و الكيف اللازمين من خلال التعليم والتدريب المتقن و المميز مواكبة لكل ماهو حديث ومتطور في علم التخدير والعناية المكثفة ومسايرة للتقدم العلمي والعالمي الحديث في هذا التخصص.